I protagonisti, Mulder e Scully, agenti speciali dell’FBI, indagano su casi inspiegabili, archiviati sotto il nome di “X-Files.”
La ricerca per sua sorella Samantha, rapita all’età di otto anni, e la convinzione di poterla ritrovare e la speranza di riabbracciarla, è ciò che spinge lui nelle sue indagini.
A causa delle sue teorie poco ortodosse, gli è stata affiancata la dottoressa patologa, Dana Scully, mandata lì per spiarlo e ridimensionare le sue vedute, ma la sua integrità l’ha portata a stare dalla parte di Mulder e a fidarsi di lui.
Lungo il cammino insieme, che ha portato l’agente a scoprire la verità su sua sorella (Closure 7x10), hanno affrontato cospirazioni, morte, cancro, perdita di una figlia (risultato di esperimenti da parte del Governo), e di altri loro cari, fine alla dura decisione di dover dar via William, loro figlio, per proteggerlo.
Nell’ultimo episodio della serie “The Truth” 9x19 (andato in onda in USA il 15 Maggio 2002), Mulder è stato condannato a morte per l’omicidio di Noel Rohrer, ma i loro colleghi e amici lo hanno aiutato ad evadere e ora lui e Scully sono in fuga.

Elemento di successo della serie è sicuramente la relazione tra i due colleghi, il cui evolversi è sempre rimandato nel tempo, un po’ come le risposte agli interrogativi, che, di volta in volta, scaltre sceneggiature suscitano nello spettatore.

X-Files è strutturata in due tipologie di episodi: mitologici e stand alone.

Gli episodi mitologici seguono una medesima linea stilistica, sia dal punto della sceneggiatura che della regia, e riguardano, in modo particolare, la linea narrativa orizzontale della serie, concernente le indagini sul rapimento di Samantha, del rapimento di Scully, il suo successivo ritrovamento, la sua malattia, l’evolversi del rapporto tra i due, le varie razze aliene e le cospirazioni governative, fino alla nascita di William e il mistero che avvolge il suo concepimento e il suo destino, legato a quello dell’intere umanità.

Nella serie è presente la figura particolare dell’Uomo che Fuma, un antagonista serializzato, il quale sembra essere la chiave della cospirazione governativa, ma, col progredire della serie, si scopre essere solo una piccola figura di un disegno molto più grande e complesso che segna il destino dell’uomo sulla Terra, la cui fine è prevista per il 22 Dicembre 2012.
Gli stand alones, sono gli episodi con una trama verticale, con il MOTW (Monster of the Week), che non hanno a che fare con la cospirazione governativa, gli alieni e le storie personali dei due agenti. Sono quelli che attribuiscono alla produzione il titolo di serie post-moderna, in quanto mescolano sapientemente paranormale, fantascienza, horror, thriller, con intonazioni sia drammatiche che comiche e presentano le sceneggiature e le regie più svariate.

I miti e le leggende da cui X-Files prende spunto per ibridarle con le proprie trame spaziano su un territorio molto ampio che comprende gli indiani d’America, il Nuovo Testamento, la leggenda egizia del mito di Iside e Osiride, su cui si sviluppano le ultime stagioni della serie, e le profezie Maya.
Dalla fine della sesta stagione X-Files si trasforma da show incentrato su una cospirazione governativa (che termina con l’omicidio delle figure ombra del Consorzio in One Son 6x12), a serie che riguarda una mitologia d’altro tipo, in cui tutti i personaggi trovano il proprio archetipo nella storia egizia, dove Fox Mulder ricorda Osiride, il cui significato è “Forza dell’Occhio”, mentre Dana Scully, Iside.
Questa ibridazione nasce già a partire dalla sigla che con l’ottava stagione si rinnova e vede un Fox Mulder cadere proprio all’interno di un occhio (quello di Scully).

Il tema della Cristianità è molto evidente negli episodi che trattano del mistero del concepimento di William e la sua nascita, compresa l’atmosfera stilistica dell’episodio Existence 6x21, la profezia di Josepho (Provenance 9x09-Provicence 9x10) secondo cui William, è colui che salverà il mondo dal suo destino e dalla sua fine, prevista, come dal calendario Maya, per il 22 Dicembre 2012, ma senza la guida di suo padre, secondo la medesima profezia, diventerebbe il capo dei Supersoldati (razza aliena creata dai Ribelli, vedere sezione Mitologia) per la colonizzazione della Terra.
Per tale motivo Mulder, in pericolo di vita, è costretto a fuggire (Nothing Important Happened Today 1&2 9x01-9x02), abbandonando Scully e William.

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